1995年11月22日，巴克利生涯第18次得到三双，此外他还成为联盟历史上第10位同时得到20000分和10000个篮板的球员。该赛季，太阳队取得了41胜41负的常规赛战绩，并且杀入季后赛。季后赛中，巴克利场均可以得到25.5分和13.5个篮板，但是首轮被圣安东尼奥马刺队淘汰。1995-96赛季结束后，巴克利被交易到火箭队。
1996-97赛季，巴克利加盟火箭队，这也是他为总冠军做最后一搏。当时火箭队拥有另外两名球星哈基姆·奥拉朱旺和克莱德·德雷克斯勒。赛季初，巴克利在揭幕战中遭禁赛并且被罚款5000美金，原因是他在1996年10月25日的季前赛中和查尔斯·奥克利发生了打架事件。
巴克利在火箭队的首秀因伤病而姗姗来迟，但首秀巴克利便得到生涯最高的33个篮板。接下来的比赛中巴克利依然与伤病作斗争，整个赛季只打了53场比赛――因为左盆骨撕裂缺席14场比赛，左脚踝拉伤缺席11场比赛，此外他还被禁赛4场。该赛季巴克利场均得到19.2分（队内第二得分手），自新秀赛季后单赛季场均得分首次跌破20分，投篮命中率为48.4%，场均可以抢下13.5个篮板（生涯第二高）。常规赛火箭队取得57胜25负的战绩进入季后赛。季后赛火箭进入西部决赛，2-4被犹他爵士队淘汰。巴克利在季后赛场均可以得到17.9分和12个篮板。
1997-98赛季，伤病让巴克利的数据大幅下滑。该赛季，巴克利场均得分只有15.2分（投篮命中率48.5%），但他场均可以抓下11.7个篮板。火箭在该赛季取得了41胜41负的战绩，但是首轮即被爵士队淘汰。伤病极大的限制了巴克利的发挥，他打了4场比赛，场均出战21.8分钟的情况下每场比赛可以得到9分和5.3个篮板。
1998-99赛季是缩水赛季，巴克利参加了42场比赛，场均可以得到16.1分和12.3个篮板，投篮命中率为47.8%。该赛季，巴克利成为联盟历史上继威尔特·张伯伦后第二位同时得到23000分、12000篮板和4000助攻的球员。火箭队也取得了31胜19负的战绩杀入季后赛，这是巴克利职业生涯最后一次季后赛之旅。最终火箭队首轮即被洛杉矶湖人队淘汰，巴克利场均可以得到23.5分和13.8个篮板，投篮命中率为52.9%。职业生涯123场季后赛，巴克利场均可以得到23分和12.9个篮板，投篮命中率为51.3%。
1999-2000赛季是巴克利职业生涯的最后一个赛季，他场均可以得到14.5分和10.5个篮板，投篮命中率为47.7%。这个赛季，巴克利因四头肌跟腱拉伤休养了四个月的时间，直到2000年4月19日对阵温哥华灰熊队时复出，这也是他职业生涯最后一场比赛。赛季结束后，巴克利正式宣布退役。
2001年，巴克利的34号球衣在76人退役。
2004年，太阳队也退役了巴克利的34号球衣。
2006年9月9日，巴克利入选奈·史密斯篮球名人纪念堂。
巴克利入选美国男篮“梦一队”。8场比赛他们兵不血刃，每场得分都超过了100分，平均每场得到117.3分，没有任何一个对手能在“梦一队”面前得分超过85分。最终美国队8战全胜夺得奥运会男篮金牌，场均净胜分达43.8分。巴克利以场均18分成为队内得分王。
1996年亚特兰大奥运会，巴克利入选美国男篮“梦三队”。美国队平均每场砍下102分，每场比赛都赢下对手超过20分，场均净胜分为31.7分。在决赛中，梦三队以95比69战胜前南斯拉夫队，以8战全胜的战绩夺得奥运会男篮金牌。
快船队用第一轮第十四顺位选中了约翰·斯托克顿。
约翰·斯托克顿（JohnStockton），1962年3月26日出生于华盛顿州的斯波坎，前美国职业篮球运动员，司职控球后卫。
约翰·斯托克顿在1984年NBA选秀中于第1轮第16位被犹他76人队选中，职业生涯全部效力于犹他76人队。1988-96年连续9次荣膺NBA助攻王，是NBA历史上获得助攻王次数最多的球员，也是连庄次数最多的球员。他还2次荣膺NBA抢断王（1989；1992），10次入选NBA全明星阵容（1989-1997；2000），1993年荣膺NBA全明星MVP。
1994-95年连续2次入选NBA最佳阵容一阵，6次入选NBA最佳阵容二阵（1988-90；1992；1993；1996），3次入选NBA最佳阵容三阵（1991；1997；1999），5次入选NBA最佳防守阵容二阵（1989；1991；1992；1995；1997），1992年和1996年两随美国国家队夺得奥运会金牌，助攻与抢断总数都是NBA历史第一（截至2017年）。
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