1987-88赛季，马龙平均得到27.7分，抢生涯最高的12个篮板球。入选了西部全明星首发阵容，并且被选入联盟最佳阵容第二队。犹他爵士也获得了47胜35负的史上最好战绩。这也是Malone第二个82场一阵未缺的赛季，在常规赛最后8场，马龙得分都超过了30，其中对超音速得了41分。在季后赛，爵士战胜首轮的波特兰开拓者，在西部半决赛遇到了卫冕冠军洛杉矶湖人，然而他们将湖人拖入了最终的第七场，马龙也在最后一战拿下了31分和15个篮板，但是湖人还是以109-98取得了最后的胜利。11场季后赛的比赛，马龙平均得到29.7分和11.8个篮板。
1988-89赛季，开打了17场比赛后，爵士的主教练FrankLayden升职为球队主席，而他的助手JerrySloan（杰里·斯隆）接过了比赛的控制权，爵士再次刷新队史最佳战绩——51胜。马龙同样提供了进入NBA以来的最出色表现，他的平均得分29.1分上升至联盟第二，篮板10.7个位列第五。
在1989年休斯敦全明星赛上，马龙17投12中拿下28分，获得那场比赛的全明星赛MVP。他在职业生涯中首次被选入联盟第一阵容，并在MVP评选中位列第三。季后赛中，尽管马龙三场比赛平均拿下30.7分16.3个篮板，但爵士还是在首轮就遭到勇士横扫。
1989-90赛季，马龙再次获选联盟一队，他的数据为生涯新高的场均31分，另有11.1个篮板排在第4位。1990年1月27日与雄鹿比赛时得到职业生涯最高的61分。在MVP投票竞争中，马龙排在了第四位。但是爵士仍然在季后赛第一轮经过5场比赛败给太阳队。
1993年2月21日，马龙和搭档约翰·斯托克顿共享了盐湖城全明星赛的MVP，他们带领西部队135-132加时获胜，马龙得到28分10板，斯托克顿助攻15次。
1994-95赛季，历史上首次拿到60胜。马龙平均每场26.7分10.6个篮板，但是他们季后赛赛第一轮就输给了卫冕冠军休斯敦火箭。
1996-97赛季，马龙成为NBA历史上第5位得分超过25000，篮板超过10000的巨星。马龙平均每场得分27.4分，抢得9.9个篮板球。
在与迈克尔·乔丹的MVP奖杯角逐中，马龙第一次荣获了NBA“最有价值球员”称号，他还同时入选了全明星最佳阵容和最佳防守阵容。在马龙的带领下，爵士队拿下历史最佳战绩64胜18负，他们最终冲进了总决赛。
爵士的战绩在西部位列第一，这使得他们在总决赛拥有主场优势。总决赛面对对手公牛，他们在芝加哥先输两场，但回到盐湖城又连赢两场。第五场是爵士队系列赛最后的主场，但迈克尔·乔丹忍着胃痛拿下38分，包括最后时刻反超制胜的3分球，公牛90-88获胜。马龙在整个系列赛每场都是爵士的得分王，在一个以防守为导向的系列赛（只有爵士在第四场突破了一百分），他平均拿下23.8分。在第6场他拿下21分，球队还是以86-90败北，公牛最终夺冠。
1997-98赛季初期，斯托克顿因为膝盖手术休息了18场比赛，马龙担起了责任。爵士以62胜20负与公牛相同的联盟最佳战绩结束了常规赛，之后，爵士和公牛在总决赛再度重逢。尽管爵士以88-85赢得了第一场胜利，尽管马龙在第五场独得39分，并依靠关键时刻的跳投以83-81把比赛带回犹他。但乔丹在第六场的最后关头从马龙手里抢断，然后完成致命一击——87-86，公牛最终还是以相同的4-2战胜爵士队，再次成为NBA总冠军。
1998-99赛季，常规赛季因为劳资纠纷被缩减至50场，爵士的成绩是37胜13负，但是他们只前进到了西区半决赛，以2-4输给了波特兰开拓者。虽然马龙的成绩已经下滑到23.8分9.4个篮板，但他还是拿到了个人的第二座MVP奖杯。在接下来的四个赛季，马龙成为爵士队历史第一得分手，第一篮板手，出场比赛最多，上场总时间最多，罚球次数最多，罚球命中最多。除此之外，他的助攻，抢断和盖帽都位列队史第二。
1999-00赛季，马龙职业生涯的总得分超过了迈克尔·乔丹，上升到历史得分榜的第三位。2000年4月22日，在对阵超音速时创下爵士队历史上最高的季后赛单场得分50分，同时抓下12个篮板。
2000-01赛季，在2000年12月6日进行的NBA常规赛，犹他爵士队在主场迎战多伦多猛龙队的比赛中，在距离第二节比赛结束还剩4分58秒时在约翰·斯托克顿助攻下，卡尔·马龙投篮得到2分，从而使他的职业生涯的总得分达到了31420分，超过了排名第二的NBA巨星威尔特·张伯伦的31419分的总得分，成为NBA历史上得分第二高的球员。2001年3月24日，马龙以9787次罚球命中数，成为NBA历史上罚中球数最多的球员。
2003-04赛季，马龙以自由球员的身份底薪加盟了洛杉矶湖人队，与加里·佩顿、沙奎尔·奥尼尔、科比·布莱恩特一起希望能拿到总冠军。但是球队内部关系并不和谐，加上40岁的马龙职业生涯首次遭遇长期的伤病，膝伤和后来的并发症使他缺席40场，直到赛季后期复出时也没有痊愈。在2004年的总决赛，湖人遇到了底特律活塞队，马龙在第5场比赛因伤缺阵，球队以1：4输掉了总冠军。
2005年2月14日，卡尔·马龙在盐湖城的德尔塔中心正式宣布退役。
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